Carlos Mugica nació en Buenos Aires el 7 de octubre de 1930.

En 1954 comenzó a trabajar en la asistencia de familias empobrecidas desde la parroquia de Santa Rosa de Lima, en la ciudad de Buenos Aires.

El padre Mugica pertenecía al movimiento de sacerdotes tercermundistas, que estuvo vinculado a las luchas populares del país en las décadas de 1960 y 1970, y fue el fundador de la parroquia Cristo Obrero en la villa 31.

Debido a su "opción por los pobres" concretada en una activa militancia social y por su independencia política recibió críticas de todos los sectores y varias amenazas de muerte y diversos ataques e intentos de matarlo. El 11 de mayo de 1974 fue emboscado cuando se disponía a subir a su automóvil Renault 4 azul estacionado en la puerta de la iglesia de San Francisco Solano de la calle Zelada 4771 en el barrio porteño de Villa Luro donde acababa de celebrar misa.

El crimen se atribuyó a la organización de derecha conocida como Alianza Anticomunista Argentina, aunque judicialmente jamás fue esclarecido.