Según un comunicado publicado por la compañía, el empresario de 55 años falleció producto de un cáncer de vía biliar. Iwata había comenzado a trabajar en Nintendo en la década de los 80, colaborando como desarrollador independiente en varios juegos.
 
En 2000 se unió formalmente a la empresa y dos años después se convirtió en el cuarto presidente de la compañía tras la retirada de Hiroshi Yamauchi. Desde junio de 2013 Iwata ocupaba también la dirección ejecutiva de la filial norteamericana de la compañía.

Programador de formación, su carrera ejecutiva está ligada a varios éxitos empresariales. Heredó una compañía herida tras el lanzamiento de la consola GameCube -una consola que no logró superar en ventas a su antecesora, la Nintendo 64, a pesar de contar con buenas críticas- pero cuatro años después de su ascenso a la presidencia, Iwata logró cambiar la suerte con la Nintendo Wii, un éxito sin precedentes en el rubro.

Bajo su gestión la empresa también logró mantener el control sobre el mundo del ocio electrónico portátil. En el año 2004 la compañía lanzó al mercado la Nintendo DS, una consola equipada con dos pantallas, una de ellas táctil. Siete años después la compañía pondría en el mercado una nueva versión, la Nintendo 3DS, capaz de mostrar imágenes tridimensionales sin necesidad de usar gafas especiales.