El Consejo de la Magistratura decidió dar curso a la denuncia presentada contra el juez federal Daniel Rafecas para determinar si incurrió en conducta incompatible con su cargo, luego de que el organismo decidiera rechazar "el pedido de desestimación de la denuncia". Como instructor a cargo del proceso fue elegido el senador kirchnerista Marcelo Fuentes.

Un grupo de consejeros opositores –Ricardo Recondo y Alejandro Sanchez Freytes, representante de los jueces, y los abogados Alejandro Fargosi y Daniel Ostropolsky– pidieron que se rechazara de inmediato la denuncia contra el juez, lo que fue resistido por los representantes del kirchnerismo, ya que el representante del Poder Ejecutivo en el Consejo, Hernán Ordiales, fue quien presentó el pedido de investigación al magistrado.

Ordiales acusó a Rafecas de filtrar información sobre la causa, a lo que se sumó la presentación del abogado Ignacio Danuzzo Iturraspe, quien incorporó el intercambio de chats telefónicos que mantuvo con el juez referidos, entre otras cosas, a la situación que podría afrontar Boudou en la causa.

El pedido de investigación contra el juez abrió además diferencias en la UCR, que tiene dos representantes en el cuerpo: mientras que el senador Mario Cimadevilla ratificó su postura de habilitar la investigación pero planteando cuestionamientos al procedimiento iniciado, el diputado Oscar Aguad es partidario de la idea de rechazar "in límine" la presentación de Ordiales.